هوموس ظرفیت نگهداشت آب در خاک را افزایش می‌دهد. مهم‌ترین عملکرد مواد هیومیک در خاک توانایی آن‌ها در نگهداشت آب است. مواد هیومیک با بهبود ساختمان خاک، نفوذ آب را تسهیل کرده و آب را در محدوده ریشه نگه می‌دارد. مواد هیومیک به عنوان اسفنج عمل می‌کنند و می‌توانند هفت برابر حجم خود را آب جذب کنند.
آب قابل دسترس بدون شک مهم‌ترین جزء خاک حاصلخیز است. خاک با غلظت بالا از مواد هیومیک، رطوبت را برای استفاده در دوره‌های خشک نگه می‌دارد.
مواد هیومیک از اجزای کلیدی ساختمان خاک مناسب هستند. کربوهیدرات‌های پیچیده سنتز شده توسط باکتری‌ها و مواد هیومیک همراه با ذرات رس و سیلت، خاکدانه‌ها را تشکیل می‌دهند. این خاکدانه‌ها در لایه سطحی، خاکی با ساختمان و تخلخل مناسب را تشکیل می‌دهند.
مواد هیومیک pH خاک را خنثی کرده و دی اکسید کربن را آزاد می‌کند. مطالعات میدانی نشان داده است که افزودن مواد هیومیک به خاک‌ها به خنثی‌سازی pH آن‌ها کمک می‌کند؛ هر دو خاک اسیدی و قلیایی خنثی می‌شوند. سایت‌های دارای بار الکتریکی بر روی مواد هیومیک برای اتصال کاتیون‌های فلزی عمل می‌کنند و بدین ترتیب جذب این عناصر را توسط گیاه افزایش می‌دهند و از آبشویی آن‌ها جلوگیری می‌کنند.
بطور کلی مواد هیومیک انرژی لازم را برای موجودات مفید در خاک تأمین می‌کنند، بر ظرفیت نگهداشت آب در خاک تأثیر می‌گذارند، ساختمان خاک را بهبود می‌بخشند، افزایش فراهمی ریزمغذی‌ها و بطور کلی حاصلخیزی خاک را بهبود می‌بخشد.